การแยกชั้นกระจกตาเป็น flap คือ ลักษณะการยิงเลเซอร์ลงไปบนพื้นที่ที่กำหนด แล้วยิงขอบข้างเป็นวงกลมให้เหลือพื้นที่ส่วนต่อของกระจกตา จากนั้นทำการเปิดกระจกตาส่วนดังกล่าวขึ้น (เหมือนบานพับ) ก่อนทำการปรับเปลี่ยนความโค้งกระจกตาด้วย Excimer Laser ต่อไป เมื่อเสร็จแล้ว แพทย์จะทำการปิดกระจกตาส่วนดังกล่าวกลับที่เดิม
วิธีการแยกชั้นกระจกตาเป็น flap นี้ เป็นขั้นตอนหนึ่งในการผ่าตัด ด้วยวิธี FemtoLASIK และ LASIK ก่อนการปรับความโค้งกระจกตาต่อไป